Varhanní obor brněnské konzervatoře je pokračovatelem slavné varhanické školy založené v roce 1881 Leošem Janáčkem. Navázal tak na osvědčenou tradici komplexního hudebního vzdělávání. Do dnešní doby absolvují všichni studenti kromě hlavního oboru výuku hudební teorie, základy dirigování, zpěv, hru na cembalo, orientaci v kompozici apod. Studium varhan je vlastně dvouoborové, absolventi získají rovněž ukončené vzdělání v oboru hra na klavír. Díky širokému spektru studia se mohou uplatnit jako sbormistři, dirigenti, učitelé varhan a klavíru, skladatelé, chrámoví varhaníci a také často jako komorní hráči na cembalo.
Varhanní oddělení brněnské konzervatoře patří k největším a nejkvalitnějším v naší zemi. Studenti pravidelně získávají významná ocenění na národních i na mezinárodních soutěžích, jejich úspěšnost při přijímacích řízeních na vysoké školy je téměř stoprocentní. Škola je nástrojově vybavena na nejvyšší úrovni, vlastní pět nástrojů, dva zcela nové.
Jedny varhany o devatenácti rejstřících, které jsou v současné době ve výstavbě, budou sloužit k veřejné prezentaci výsledků práce studentů.